Application of numerical optimization methods to molecular docking on graphics processing units
Скачать файл:
URI (для ссылок/цитирований):
https://link.springer.com/article/10.3103/S0146411616070051https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/69846
Автор:
Farkov, M. A.
Legalov, A. I.
Коллективный автор:
Институт космических и информационных технологий
Кафедра вычислительной техники
Дата:
2016-12Журнал:
Automatic Control and Computer SciencesКвартиль журнала в Scopus:
Q3Квартиль журнала в Web of Science:
без квартиляБиблиографическое описание:
Farkov, M. A. Application of numerical optimization methods to molecular docking on graphics processing units [Текст] / M. A. Farkov, A. I. Legalov // Automatic Control and Computer Sciences. — 2016. — Т. 50 (№ 7). — С. 471-476Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала.
Аннотация:
This paper is devoted to analyzing numerical optimization methods for solving the problem of molecular docking. Some additional requirements for optimization methods that take into account certain architectural features of graphics processing units (GPUs) have been formulated. A promising optimization method for use on graphics processors has been selected, its implementation is described, and its efficiency and accuracy have been estimated.
Коллекции:
Метаданные:
Показать полную информациюСвязанные материалы
Показаны похожие ресурсы по названию, автору или тематике.
-
Calculation of Force Field Grids for Molecular Docking Using Graphics Processing Unit
Farkov, Mikhail A.; Фарков, М.А. (Сибирский федеральный университет. Siberian Federal University., 2014-03)The vast majority of problems faced by bioinformatics are very complex and time consuming. They require the use of modern high-performance computational systems and the development of algorithms for such system. Heterogeneous ... -
Роль электростатических взаимодействий в формировании комплекса между бактериальной люциферазой и NADPH:FMN-оксидоредуктазой
Деева, А.А.; Немцева, Е.В.; Кратасюк, В.А.; Deeva, Anna A.; Nemtseva, Elena V.; Kratasyuk, Valentina A. (Сибирский федеральный университет. Siberian Federal University, 2018)Методом молекулярного докинга исследован возможный механизм формирования белкового комплекса между бактериальной люциферазой и NADPH:FMN-оксидоредуктазой из Vibrio harveyi за счет электростатических взаимодействий. ... -
Thymidine Based Potential Antimicrobial Agents Through In Silico DFT Calculations
Mohammed A. Hosen; Sarkar M. A. Kawsar; Хосен, М. А.; Кавсар, С.М.А. (Сибирский федеральный университет. Siberian Federal University, 2023-06)Modification of the hydroxyl (–OH) group of thymidine by acylation may cause changes in the antimicrobial and anticancer properties of thymidine which is investigated in this study. The current study is concentrated towards ... -
PASS Prediction, ADMET and Molecular Docking Studies of Some Mannopyranoside Derivatives Against HCV NS 5B Polymerase
Arabi, Ishmam I.; Kawsar, Sarkar M. A.; Арабия, И. И.; Кавсар, С.М.А. (Сибирский федеральный университет. Siberian Federal University, 2023-09)Several carbohydrate-based medications are now being used to treat a variety of human ailments all around the world. Therefore, we concentrated on computational investigations of previously synthesized methyl α-D‑mannopyranoside ...