Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования
Скачать файл:
URI (для ссылок/цитирований):
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964Автор:
Белоконь, М. М.
Политов, Д. В.
Мудрик, Е. А.
Полякова, Т. А.
Шатохина, А. В.
Белоконь, Ю. С.
Орешкова, Н. В.
Путинцева, Ю. А.
Шаров, В. В.
Кузмин, Д. А.
Крутовский, К. В.
Коллективный автор:
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов
Дата:
2016-12Журнал:
ГенетикаБиблиографическое описание:
Белоконь, М. М. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования [Текст] / М. М. Белоконь, Д. В. Политов, Е. А. Мудрик, Т. А. Полякова, А. В. Шатохина, Ю. С. Белоконь, Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузмин, К. В. Крутовский // Генетика. — 2016. — Т. 52 (№ 12). — С. 1-10Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала.
Аннотация:
Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов.