Сравнение методов построения классификации геномов по частотам триплетов и на основе выравнивания на примере геномов семейства Coronaviridae
Скачать файл:
URI (для ссылок/цитирований):
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/143969Автор:
Кириченко, Анастасия Дмитриевна
Научный руководитель:
Садовский, Михаил Георгиевич
Коллективный автор:
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Кафедра геномики и биоинформатики
Дата:
2021Библиографическое описание:
Кириченко, Анастасия Дмитриевна. Сравнение методов построения классификации геномов по частотам триплетов и на основе выравнивания на примере геномов семейства Coronaviridae [Электронный ресурс] : магистерская диссертация : 06.04.01 / А. Д. Кириченко. — Красноярск : СФУ, 2021.Специальность выпускной работы:
06.04.01 БиологияОбразовательная программа выпускной работы:
06.04.01.06 Геномика и биоинформатикаУчёная степень или квалификация, на которую выполнена работа:
МагистрТекст работы публикуется с изъятиями.
Аннотация:
Объект исследования – геномы коронавирусов.
Цель работы – сравнение двух методов выявления филогенетического отношения на примере семейства геномов коронавирусов: метода, основанного на выравнивании и метода классификации геномов по частотам триплетов.
В результате проделанной работы было отобрано 69 геномов коронавирусов из двух общедоступных баз данных и проанализированы филогенетические отношения между ними методом полногеномного выравнивания и построения филогении на его основе, а также методом классификации геномов по частотам триплетов. Топологии деревьев, полученных методом максимального правдоподобия и с применением байесовского подхода, идентичны и имели умеренную и высокую поддержку ветвей. При помощи метода динамических ядер с последовательно возрастающим числом классов построено иерархическое дерево, последний слой которого представляет собой классы тесно связанных между собой геномов, точно совпадающих с кластерами геномов, выделяемых на филогенетическом дереве. Метод упругих карт выявляет нелинейные связи между объектами (геномами), дополнительные к линейным связям, выявляемых, например, методом динамических ядер. Кластеры, выделенные методом упругих карт, также хорошо совпадают, как с классами последнего слоя слоистого графа, полученного методом динамических ядер, так и с классическим выравниванием. Проведенные вычисления показали высокую эффективность каждого из этих методов. Оба метода также показали хорошее расхождение геномов по таксономическому признаку, но по характеру вызываемых заболеваний соответствие меньше.
Коллекции:
- Магистерские диссертации [4186]