Сравнение методов построения классификации геномов по частотам триплетов и на основе выравнивания на примере геномов семейства Coronaviridae
View/ Open:
URI (for links/citations):
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/143969Author:
Кириченко, Анастасия Дмитриевна
Scientific Advisor:
Садовский, Михаил Георгиевич
Corporate Contributor:
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Кафедра геномики и биоинформатики
Date:
2021Bibliographic Citation:
Кириченко, Анастасия Дмитриевна. Сравнение методов построения классификации геномов по частотам триплетов и на основе выравнивания на примере геномов семейства Coronaviridae [Электронный ресурс] : магистерская диссертация : 06.04.01 / А. Д. Кириченко. — Красноярск : СФУ, 2021.Graduate Speciality:
06.04.01 БиологияGraduate Program:
06.04.01.06 Геномика и биоинформатикаAcademic Degree or Qualification:
МагистрТекст работы публикуется с изъятиями.
Abstract:
Объект исследования – геномы коронавирусов.
Цель работы – сравнение двух методов выявления филогенетического отношения на примере семейства геномов коронавирусов: метода, основанного на выравнивании и метода классификации геномов по частотам триплетов.
В результате проделанной работы было отобрано 69 геномов коронавирусов из двух общедоступных баз данных и проанализированы филогенетические отношения между ними методом полногеномного выравнивания и построения филогении на его основе, а также методом классификации геномов по частотам триплетов. Топологии деревьев, полученных методом максимального правдоподобия и с применением байесовского подхода, идентичны и имели умеренную и высокую поддержку ветвей. При помощи метода динамических ядер с последовательно возрастающим числом классов построено иерархическое дерево, последний слой которого представляет собой классы тесно связанных между собой геномов, точно совпадающих с кластерами геномов, выделяемых на филогенетическом дереве. Метод упругих карт выявляет нелинейные связи между объектами (геномами), дополнительные к линейным связям, выявляемых, например, методом динамических ядер. Кластеры, выделенные методом упругих карт, также хорошо совпадают, как с классами последнего слоя слоистого графа, полученного методом динамических ядер, так и с классическим выравниванием. Проведенные вычисления показали высокую эффективность каждого из этих методов. Оба метода также показали хорошее расхождение геномов по таксономическому признаку, но по характеру вызываемых заболеваний соответствие меньше.
Collections:
- Магистерские диссертации [4085]