Показать сокращенную информацию
Анализ микробиоты лёгких и респираторного тракта человека при заболеваниях легочной системы (обзор)
Автор | Буслаев, В. Ю. | ru_RU |
Автор | Мацкова, Л. В. | ru_RU |
Автор | Минина, В. И. | ru_RU |
Автор | Дружинин, В. Г. | ru_RU |
Автор | Buslaev, Vladislav Yu. | en |
Автор | Matskova, Lyudmila V. | en |
Автор | Minina, Varvara I. | en |
Автор | Druzhinin, Vladimir G. | en |
Дата внесения | 2022-10-17T08:18:57Z | |
Дата, когда ресурс стал доступен | 2022-10-17T08:18:57Z | |
Дата публикации | 2022-09 | |
URI (для ссылок/цитирований) | https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/149185 | |
Аннотация | Микробиота легочной системы способна оказывать значимое влияние на стабильность структуры и функциональную активность легких. Инициация и прогрессирование некоторых заболеваний легких зависит от патогенных факторов, экспрессируемых легочной микробиотой, и состояния дисбиоза в целом. Метагеномные исследования, основанные на секвенировании генов 16S рРНК, позволили получить актуальные данные о составе легочной микробиоты. Гены 16S рРНК состоят из 9 вариабельных участков (V1- V9). Определение более консервативных в эволюционном плане участков последовательностей 16S рРНК гена позволяет относить исследуемые геномы бактерий к таксонам более высокого порядка, в то время как получение информации о менее консервативных участках позволяет определять принадлежность бактерий к роду или виду. В настоящее время также активно развивается метатранскриптомика, основанная на оценке числа копий транскриптов легочной микробиоты. Существование разнообразия и избыточности генов, а также вариабельность их активности в разных условиях предполагает использование таких высокопроизводительных технологий, как секвенирование РНК и методы параллельного секвенирования. Полученные данные по метатранскриптомному анализу в значительной степени дополняют результаты метагеномных исследований, в то же время предполагается, что метатранскриптомный подход более информативен, что касается исследований функциональных взаимодействий между микробиотой и организмом-хозяином. Эти подходы предполагают оценку биологической активности различных компонентов микробиома в норме и патологии. В обзоре рассмотрены методические особенности применения метагеномного анализа, а также метатранскриптомных исследований при некоторых тяжелых заболеваниях легочной системы (рак легкого, хроническая обструктивная болезнь легких, астма и муковисцидоз) | ru_RU |
Аннотация | The structural stability of the respiratory system and the functional activity of the lungs are influenced by the local microflora. The initiation and the progression of some lung diseases are determined by pathogenic factors produced by the lung microbiota and the dysbiotic conditions in general. Metagenomic studies based on sequencing of the genes for 16S ribosomal RNA have been used to collect direct data on the composition of the lung microbiota. 16S rRNA genes consist of 9 variable regions (V1-V9). By determining highly conservative 16S rRNA regions, bacterial genomes can be assigned to higher-level taxa, while based on information about less conservative regions of these genes, the genera or species of bacteria can be identified. Metatranscriptomics, which is based on estimating the number of copies of transcripts from the pulmonary microbiota, is also rapidly developing. The diversity and redundancy of genes and their variable activity in different conditions are prerequisites for using high-performance technologies such as RNA‑seq and parallel sequencing methods. The metatranscriptomic analysis data significantly complement metagenomics; at the same time, metatranscriptomics is assumed to be more informative in examination of functional interactions between microbiome and host organism. These approaches offer an estimation of the biological activity of different components in the microbiome under normal and pathological conditions. This review summarizes the results of recent metagenomic and metatranscriptomic studies regarding a number of serious diseases of the respiratory system (lung cancer, chronic obstructive lung disease, asthma, and cystic fibrosis) | en |
Язык | ru | ru_RU |
Издатель | Сибирский федеральный университет. Siberian Federal University | en |
Тема | метагеномика | ru_RU |
Тема | секвенирование 16S рРНК | ru_RU |
Тема | метатранскриптомика | ru_RU |
Тема | РНК‑секвенирование | ru_RU |
Тема | хроническая обструктивная болезнь лёгких | ru_RU |
Тема | рак лёгкого | ru_RU |
Тема | муковисцидоз | ru_RU |
Тема | астма | ru_RU |
Тема | metagenomics | en |
Тема | 16S rRNA sequencing | en |
Тема | metatranscriptomics | en |
Тема | RNA‑seq | en |
Тема | COPD | en |
Тема | lung cancer | en |
Тема | cystic fibrosis | en |
Тема | asthma | en |
Название | Анализ микробиоты лёгких и респираторного тракта человека при заболеваниях легочной системы (обзор) | ru_RU |
Альтернативное название | Analysis of the Microbiome of Human Lungs and Respiratory System in Lung Disorders: a Review | en |
Тип | Journal Article | ru_RU |
Контакты автора | Буслаев, В. Ю.: Федеральный исследовательский центр угля и углехимии СО РАН Институт экологии человека Российская Федерация, Кемерово | ru_RU |
Контакты автора | Мацкова, Л. В.: Балтийский федеральный университет имени Канта Российская Федерация, Калининград | ru_RU |
Контакты автора | Минина, В. И.: Федеральный исследовательский центр угля и углехимии СО РАН Институт экологии человека Российская Федерация, Кемерово; Кемеровский государственный университет Российская Федерация, Кемерово | ru_RU |
Контакты автора | Дружинин, В. Г.: Кемеровский государственный университет Российская Федерация, Кемерово | ru_RU |
Контакты автора | Buslaev, Vladislav Yu.: Federal Research Centre of Coal and Coal Chemistry SB RAS Institute of Human Ecology Kemerovo, Russian Federation; vladislasbus2358@yandex.ru; ORCID: 0000-0001-5566-5323 | en |
Контакты автора | Matskova, Lyudmila V.: Immanuel Kant Baltic Federal University Kaliningrad, Russian Federation; ORCID: 0000-0002-3174-1560 | en |
Контакты автора | Minina, Varvara I.: Federal Research Centre of Coal and Coal Chemistry SB RAS Institute of Human Ecology Kemerovo, Russian Federation; Kemerovo State University Kemerovo, Russian Federation; ORCID: 0000-0003-3485-9123 | en |
Контакты автора | Druzhinin, Vladimir G.: Kemerovo State University Kemerovo, Russian Federation; 0000-0002-5534-2062 | en |
Страницы | 396–421 | ru_RU |
DOI | 10.17516/1997-1389-0395 | |
Журнал | Журнал Сибирского федерального университета.Биология. Journal of Siberian Federal University.Biology, 2022 15 (3) | en |