Systems Biology of the Ralstonia eutropha Polyhydroxyalkanoate Granule

Abstract

Systems biology examines organisms and processes by a holistic approach instead of the traditional reductionist approach. This can be beneficial to researchers and bioengineers as it allows for the formulation of the “big picture” where visualization of the influences and interactions of system components can occur. Significant amounts of data about the system are required, however, for this approach to be successful. Here, the polyhydroxyalkanoate (PHA) homeostasis process in Ralstonia eutropha is examined with a systems biology slant. Copious amounts of data exist about the enzymes, structural proteins and other players that make up the PHA production/mobilization process in R. eutropha. These data are utilized to create an interaction map of the PHA granule (and PHA homeostasis enzymes) that can inform PHA production strain engineering by providing information about key interactions

Системная биология изучает организмы и процессы, используя целостный подход вместо традиционного редукционистского. Это может быть полезно для исследователей и биоинженеров, поскольку позволяет создать «общую картину», где может быть визуализировано взаимное влияние и взаимодействие компонентов системы. Однако для этого подхода требуется значительный объем данных о системе. В данной статье рассмотрен процесс гомеостаза полигидроксиалканоатов (ПГА) в Ralstonia eutropha с уклоном в системную биологию. Существует огромное количество данных о ферментах, структурных белках и других соединениях, которые включены в процесс синтеза/мобилизации ПГА в R. eutropha. Эти данные использованы для создания карты взаимодействия гранул ПГА (и ферментов гомеостаза ПГА), которая дает информацию для инженерии штамма, продуцирующего ПГА, обеспечивая данными о ключевых взаимодействиях