Показать сокращенную информацию

Белоконь, М. М.
Политов, Д. В.
Мудрик, Е. А.
Полякова, Т. А.
Шатохина, А. В.
Белоконь, Ю. С.
Орешкова, Н. В.
Путинцева, Ю. А.
Шаров, В. В.
Кузмин, Д. А.
Крутовский, К. В.
2017-06-16T10:24:34Z
2017-06-16T10:24:34Z
2016-12
Белоконь, М. М. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования [Текст] / М. М. Белоконь, Д. В. Политов, Е. А. Мудрик, Т. А. Полякова, А. В. Шатохина, Ю. С. Белоконь, Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузмин, К. В. Крутовский // Генетика. — 2016. — Т. 52 (№ 12). — С. 1-10
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964
Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала.
Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов.
http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/11177
геном
микросателлитные маркеры
полногеномное секвенирование
сосна кедро-
вая сибирская
генетическое разнообразие
гетерозиготность
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования
Journal Article
Journal Article Postprint
1-10
34.23
2017-06-16T10:24:34Z
10.7868/S0016675816120031
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов
Генетика


Файлы в этом документе

Thumbnail

Данный элемент включен в следующие коллекции

Показать сокращенную информацию