Показать сокращенную информацию
Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования
Автор | Белоконь, М. М. | |
Автор | Политов, Д. В. | |
Автор | Мудрик, Е. А. | |
Автор | Полякова, Т. А. | |
Автор | Шатохина, А. В. | |
Автор | Белоконь, Ю. С. | |
Автор | Орешкова, Н. В. | |
Автор | Путинцева, Ю. А. | |
Автор | Шаров, В. В. | |
Автор | Кузмин, Д. А. | |
Автор | Крутовский, К. В. | |
Дата внесения | 2017-06-16T10:24:34Z | |
Дата, когда ресурс стал доступен | 2017-06-16T10:24:34Z | |
Дата публикации | 2016-12 | |
Библиографическое описание | Белоконь, М. М. Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования [Текст] / М. М. Белоконь, Д. В. Политов, Е. А. Мудрик, Т. А. Полякова, А. В. Шатохина, Ю. С. Белоконь, Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузмин, К. В. Крутовский // Генетика. — 2016. — Т. 52 (№ 12). — С. 1-10 | |
URI (для ссылок/цитирований) | https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/32964 | |
Описание | Текст статьи не публикуется в открытом доступе в соответствии с политикой журнала. | |
Аннотация | Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов. | |
Ссылка на другой сайт | http://link.springer.com/journal/volumesAndIssues/11177 | |
Тема | геном | |
Тема | микросателлитные маркеры | |
Тема | полногеномное секвенирование | |
Тема | сосна кедро- | |
Тема | вая сибирская | |
Тема | генетическое разнообразие | |
Тема | гетерозиготность | |
Название | Разработка микросателлитных маркёров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования | |
Тип | Journal Article | |
Тип | Journal Article Postprint | |
Страницы | 1-10 | |
ГРНТИ | 34.23 | |
Дата обновления | 2017-06-16T10:24:34Z | |
DOI | 10.7868/S0016675816120031 | |
Институт | Институт фундаментальной биологии и биотехнологии | |
Подразделение | Базовая кафедра защиты и современных технологии мониторинга лесов | |
Журнал | Генетика |