РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Abstract

Данный выпуск журнала посвящен выдающемуся популяционному генетику Юрию Петровичу Ал- тухову, который много внимания в своих исследованиях уделял разработке молекулярно-генетических маркеров для популяционных исследований. За прошедшее время маркеры и методы их разработки претерпели существенные изменения. Благодаря современным методам полногеномного секвенирова- ния стала возможной разработка маркеров очень широкого класса – как селективно-нейтральных, так и функциональных. Из них наиболее информативными, удобными, воспроизводимыми, относи- тельно недорогими и полиморфными остаются по-прежнему микросателлитные локусы. Полноге- номное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Данная статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для очень важного вида бореальных лесов – лист- венницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.). Из полученной сборки генома лиственницы были ото- браны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с ди-, три-, тетра- и пен- тануклеотидными мотивами. Всего было протестировано 59 пар праймеров для локусов с динуклео- тидными мотивами как наиболее изменчивых. Из них в конечном итоге были отобраны 11 пар для 11 локусов с динуклеотидными повторами, которые показали высокий уровень полиморфизма и могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для иденти- фикации происхождения древесины и растительного материала.